Au milieu du XIe siècle, une abbaye bénédictine a été établie à Jérusalem par des marchands d'Amalfi. Environ 30 ans plus tard, un hôpital a été fondé à côté de l'abbaye pour soigner les pèlerins malades et pauvres. Après le succès de la première croisade en 1099, le frère Gérard (ou Gérald), supérieur de l'hôpital, agrandit l'hôpital et créa des hôpitaux supplémentaires le long de la route de la Terre Sainte.
Le 15 février 1113, l'ordre a été officiellement nommé les Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem et reconnu dans une bulle papale émise par le pape Pascal II.
Les Chevaliers Hospitaliers étaient également connus sous le nom d'Hospitaliers, de l'Ordre de Malte et des Chevaliers de Malte. De 1113 à 1309, ils étaient connus comme les Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem; de 1309 à 1522, ils sont passés par l'Ordre des Chevaliers de Rhodes; de 1530 à 1798, ils étaient l'Ordre Souverain et Militaire des Chevaliers de Malte; de 1834 à 1961, ils étaient les Chevaliers Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem; et de 1961 à nos jours, ils sont officiellement connus sous le nom d'Ordre souverain militaire et hospitalier de Saint-Jean de Jérusalem, de Rhodes et de Malte.
En 1120, Raymond de Puy (alias Raymond de Provence) succède à Gérard à la tête de l'ordre. Il a remplacé la règle bénédictine par la règle augustinienne et a activement commencé à renforcer la base de pouvoir de l'ordre, aidant l'organisation à acquérir des terres et des richesses. Peut-être inspirés par les Templiers, les Hospitaliers ont commencé à prendre les armes afin de protéger les pèlerins ainsi que de soigner leurs maladies et leurs blessures. Les chevaliers hospitaliers étaient encore des moines et continuaient de suivre leurs vœux de pauvreté personnelle, d'obéissance et de célibat. L'ordre comprenait également des aumôniers et des frères qui n'avaient pas pris les armes.
La fortune changeante des croisés occidentaux affecterait également les Hospitaliers. En 1187, lorsque Saladin s'empara de Jérusalem, les chevaliers hospitaliers déplacèrent leur quartier général à Margat, puis à Acre dix ans plus tard. Avec la chute d'Acre en 1291, ils ont déménagé à Limassol à Chypre.
En 1309, les Hospitaliers ont acquis l'île de Rhodes. Le grand maître de l'ordre, élu à vie (si confirmé par le pape), a gouverné Rhodes en tant qu'État indépendant, frappant des pièces et exerçant d'autres droits de souveraineté. Lorsque les Chevaliers du Temple ont été dispersés, certains Templiers survivants ont rejoint les rangs de Rhodes. Les chevaliers étaient maintenant plus guerriers que «hospitaliers», bien qu'ils soient restés une confrérie monastique. Leurs activités comprenaient la guerre navale; ils ont armé des navires et sont partis après des pirates musulmans, et se sont vengés des marchands turcs avec leur propre piraterie.
En 1522, le contrôle hospitalier de Rhodes prit fin avec un siège de six mois du chef turc Suleyman le Magnifique. Les Chevaliers capitulent le 1er janvier 1523 et quittent l'île avec les citoyens qui choisissent de les accompagner. Les Hospitaliers sont restés sans base jusqu'en 1530, lorsque l'empereur romain germanique Charles V s'est arrangé pour qu'ils occupent l'archipel maltais. Leur présence était conditionnelle; l'accord le plus notable a été la présentation d'un faucon au vice-roi de l'empereur de Sicile chaque année.
En 1565, le grand maître Jean Parisot de la Valette fait preuve d'un superbe leadership lorsqu'il empêche Suleyman le Magnifique de déloger les Chevaliers de leur quartier général maltais. Six ans plus tard, en 1571, une flotte combinée de chevaliers de Malte et de plusieurs puissances européennes détruisit virtuellement la marine turque lors de la bataille de Lépante. Les Chevaliers ont construit une nouvelle capitale de Malte en l'honneur de la Valette, qu'ils ont nommée La Valette, où ils ont construit de grandes défenses et un hôpital qui a attiré des patients de bien au-delà de Malte.
Les Hospitaliers étaient revenus à leur objectif initial. Au fil des siècles, ils ont progressivement abandonné la guerre au profit des soins médicaux et de l'administration territoriale. Puis, en 1798, ils ont perdu Malte lorsque Napoléon a occupé l'île sur le chemin de l'Égypte. Pendant un court laps de temps, ils reviennent sous les auspices du traité d'Amiens (1802), mais lorsque le traité de Paris de 1814 cède l'archipel à la Grande-Bretagne, les Hospitaliers repartent. Ils s'installèrent enfin définitivement à Rome en 1834.
Bien que la noblesse n'ait pas été requise pour rejoindre l'ordre monastique, elle devait être un chevalier hospitalier. Au fil du temps, cette exigence est devenue plus stricte, allant de la preuve de la noblesse des deux parents à celle de tous les grands-parents pendant quatre générations. Une variété de classifications chevaleresques a évolué pour accueillir les petits chevaliers et ceux qui ont renoncé à leurs vœux de se marier, tout en restant affiliés à l'ordre. Aujourd'hui, seuls les catholiques romains peuvent devenir hospitaliers, et les chevaliers gouvernants doivent prouver la noblesse de leurs quatre grands-parents pendant deux siècles.
Après 1805, l'ordre fut dirigé par des lieutenants jusqu'à ce que le poste de Grand Maître soit restauré par le pape Léon XIII en 1879. En 1961, une nouvelle constitution fut adoptée dans laquelle l'ordre religieux et le statut souverain étaient définis avec précision. Bien que l'ordre ne régisse plus aucun territoire, il délivre des passeports et est reconnu comme une nation souveraine par le Vatican et certaines nations catholiques européennes..