Ayant conclu la conférence de Yalta en février 1945, les "trois grands" dirigeants alliés, Franklin Roosevelt (États-Unis), Winston Churchill (Grande-Bretagne) et Joseph Staline (URSS) ont convenu de se réunir à nouveau après la victoire en Europe pour déterminer les frontières d'après-guerre, négocier des traités et résoudre les problèmes liés au traitement de l'Allemagne. Cette réunion prévue devait être leur troisième réunion, la première ayant été la Conférence de Téhéran de novembre 1943. Avec la capitulation allemande du 8 mai, les dirigeants ont prévu une conférence dans la ville allemande de Potsdam pour juillet.
Le 12 avril, Roosevelt est décédé et le vice-président Harry S. Truman est monté à la présidence. Bien que néophyte relatif des affaires étrangères, Truman était beaucoup plus méfiant à l'égard des motivations et des désirs de Staline en Europe de l'Est que son prédécesseur. En partant pour Potsdam avec le secrétaire d'État James Byrnes, Truman espérait annuler certaines concessions que Roosevelt avait accordées à Staline au nom du maintien de l'unité des Alliés pendant la guerre. Réunis au Schloss Cecilienhof, les pourparlers ont commencé le 17 juillet. Présidant la conférence, Truman a d'abord été aidé par l'expérience de Churchill dans le traitement de Staline.
Cela s'arrêta brutalement le 26 juillet lorsque le Parti conservateur de Churchill fut remarquablement battu aux élections générales de 1945. Tenue le 5 juillet, l'annonce des résultats a été retardée afin de pouvoir compter avec précision les votes des forces britanniques en service à l'étranger. Avec la défaite de Churchill, le chef de guerre britannique a été remplacé par le nouveau Premier ministre Clement Attlee et le nouveau ministre des Affaires étrangères Ernest Bevin. Manquant de la vaste expérience et de l'esprit indépendant de Churchill, Attlee s'est souvent reporté à Truman au cours des dernières étapes des pourparlers..
Au début de la conférence, Truman a appris le test de la Trinité au Nouveau-Mexique qui a marqué la réussite du projet Manhattan et la création de la première bombe atomique. Partageant cette information avec Staline le 24 juillet, il espérait que l'existence de la nouvelle arme renforcerait sa main dans ses relations avec le chef soviétique. Cette nouvelle n'a pas réussi à impressionner Staline car il avait appris le projet Manhattan grâce à son réseau d'espionnage et était au courant de ses progrès..
Au début des pourparlers, les dirigeants ont confirmé que l'Allemagne et l'Autriche seraient divisées en quatre zones d'occupation. En poursuivant, Truman a cherché à atténuer la demande de l'Union soviétique de lourdes réparations à l'Allemagne. Estimant que les lourdes réparations imposées par le Traité de Versailles après la Première Guerre mondiale avaient paralysé l'économie allemande menant la montée des nazis, Truman a travaillé pour limiter les réparations de guerre. Après de longues négociations, il a été convenu que les réparations soviétiques seraient limitées à leur zone d'occupation ainsi qu'à 10% des capacités industrielles excédentaires de l'autre zone..
Les dirigeants ont également convenu que l'Allemagne devrait être démilitarisée, identifiée et que tous les criminels de guerre devraient être poursuivis. Pour atteindre le premier de ces objectifs, les industries associées à la création de matériel de guerre ont été éliminées ou réduites avec la nouvelle économie allemande basée sur l'agriculture et la fabrication nationale. Parmi les décisions controversées à prendre à Potsdam figuraient celles concernant la Pologne. Dans le cadre des pourparlers de Potsdam, les États-Unis et la Grande-Bretagne ont convenu de reconnaître le gouvernement provisoire d'unité nationale soutenu par les Soviétiques plutôt que le gouvernement polonais en exil, basé à Londres depuis 1939..
En outre, Truman a accepté à contrecœur d'accéder aux exigences soviétiques voulant que la nouvelle frontière occidentale de la Pologne s'étende le long de la ligne Oder-Neisse. L'utilisation de ces fleuves pour désigner la nouvelle frontière a vu l'Allemagne perdre près d'un quart de son territoire d'avant-guerre, la plupart allant à la Pologne et une grande partie de la Prusse orientale aux Soviétiques. Bien que Bevin ait plaidé contre la ligne Oder-Neisse, Truman a effectivement échangé ce territoire pour obtenir des concessions sur la question des réparations. Le transfert de ce territoire a entraîné le déplacement d'un grand nombre d'Allemands de souche et est resté controversé pendant des décennies.
En plus de ces questions, la Conférence de Potsdam a vu les Alliés accepter la formation d'un Conseil des ministres des Affaires étrangères qui préparerait des traités de paix avec les anciens alliés de l'Allemagne. Les dirigeants alliés ont également convenu de réviser la Convention de Montreux de 1936, qui accordait à la Turquie le contrôle exclusif sur le détroit de Turquie, que les États-Unis et la Grande-Bretagne détermineraient le gouvernement de l'Autriche et que l'Autriche ne paierait pas de réparations. Les résultats de la conférence de Potsdam ont été officiellement présentés dans l'accord de Potsdam qui a été publié à la fin de la réunion le 2 août..
Le 26 juillet, lors de la Conférence de Potsdam, Churchill, Truman et le leader nationaliste chinois Chiang Kai-Shek ont publié la Déclaration de Potsdam qui décrivait les conditions de la capitulation du Japon. Réitérant l'appel à la reddition inconditionnelle, la Déclaration stipulait que la souveraineté japonaise devait être limitée aux îles d'origine, les criminels de guerre seraient poursuivis, le gouvernement autoritaire devait prendre fin, l'armée serait désarmée et une occupation s'ensuivrait. Malgré ces conditions, il a également souligné que les Alliés ne cherchaient pas à détruire les Japonais en tant que peuple..
Le Japon a refusé ces conditions malgré la menace des Alliés qu'une "destruction rapide et totale" s'ensuivrait. Réagissant aux Japonais, Truman ordonna l'utilisation de la bombe atomique. L'utilisation de la nouvelle arme sur Hiroshima (6 août) et Nagasaki (9 août) a finalement conduit à la capitulation du Japon le 2 septembre. Au départ de Potsdam, les dirigeants alliés ne se rencontreraient plus. Le givrage des relations américano-soviétiques qui a commencé pendant la conférence s'est finalement intensifié pendant la guerre froide.