Une partie de la synthèse moderne de la théorie de l'évolution implique la biologie des populations et, à un niveau encore plus petit, la génétique des populations. Étant donné que l'évolution est mesurée en unités au sein des populations et que seules les populations peuvent évoluer et non les individus, la biologie des populations et la génétique des populations sont des éléments complexes de la théorie de l'évolution par la sélection naturelle..
Lorsque Charles Darwin a publié pour la première fois ses idées d'évolution et de sélection naturelle, le domaine de la génétique n'était pas encore découvert. Étant donné que le traçage des allèles et de la génétique est une partie très importante de la biologie et de la génétique des populations, Darwin n'a pas entièrement couvert ces idées dans ses livres. Maintenant, avec plus de technologie et de connaissances sous nos ceintures, nous pouvons incorporer plus de biologie et de génétique des populations dans la théorie de l'évolution.
Une façon de le faire est par la coalescence des allèles. Les biologistes de la population examinent le patrimoine génétique et tous les allèles disponibles au sein de la population. Ils essaient ensuite de retracer l'origine de ces allèles dans le temps pour voir où ils ont commencé. Les allèles peuvent être retracés à travers différentes lignées sur un arbre phylogénétique pour voir où ils fusionnent ou se réunissent (une autre façon de voir les choses est lorsque les allèles se ramifient les uns des autres). Les traits fusionnent toujours à un point appelé l'ancêtre commun le plus récent. Après l'ancêtre commun le plus récent, les allèles se sont séparés et ont évolué en de nouveaux traits et très probablement les populations ont donné naissance à de nouvelles espèces.
La théorie de la coalescence, tout comme l'équilibre de Hardy-Weinberg, a quelques hypothèses qui éliminent les changements d'allèles par des événements fortuits. La théorie de la coalescence suppose qu'il n'y a pas de flux génétique aléatoire ou de dérive génétique des allèles dans ou hors des populations, la sélection naturelle ne fonctionne pas sur la population sélectionnée au cours de la période donnée, et il n'y a pas de recombinaison d'allèles pour former de nouveaux ou plus complexes allèles. Si cela est vrai, l'ancêtre commun le plus récent peut être trouvé pour deux lignées différentes d'espèces similaires. Si l'un des éléments ci-dessus est en jeu, plusieurs obstacles doivent être surmontés avant que l'ancêtre commun le plus récent puisse être identifié pour ces espèces..
À mesure que la technologie et la compréhension de la théorie de la coalescence deviennent plus facilement disponibles, le modèle mathématique qui l'accompagne a été modifié. Ces changements au modèle mathématique permettent de résoudre certains des problèmes précédemment inhibiteurs et complexes de la biologie et de la génétique des populations et tous les types de populations peuvent ensuite être utilisés et examinés à l'aide de la théorie.