La rébellion de Shimabara était une révolte paysanne contre Matsukura Katsuie du domaine Shimabara et Terasawa Katataka du domaine Karatsu.
Combattue entre le 17 décembre 1637 et le 15 avril 1638, la rébellion de Shimabara a duré quatre mois.
Rebelles Shimabara
Tokugawa Shogunate
À l'origine les terres de la famille Christian Arima, la péninsule de Shimabara a été donnée au clan Matsukura en 1614. En raison de l'appartenance religieuse de leur ancien seigneur, de nombreux habitants de la péninsule étaient également chrétiens. Le premier des nouveaux seigneurs, Matsukura Shigemasa, a cherché à progresser dans les rangs du Tokugawa Shogunate et a aidé à la construction du château d'Edo et à une invasion planifiée des Philippines. Il a également mené une politique stricte de persécution contre les chrétiens locaux.
Alors que les chrétiens étaient persécutés dans d'autres régions du Japon, le degré de répression de Matsukura était considéré comme particulièrement extrême par des étrangers tels que les commerçants néerlandais locaux. Après avoir repris ses nouvelles terres, Matsukura a construit un nouveau château à Shimabara et a vu que l'ancien siège du clan Arima, le château de Hara, a été démantelé. Pour financer ces projets, Matsukura a prélevé de lourdes taxes sur son peuple. Ces politiques ont été poursuivies par son fils, Matsukura Katsuie. Une situation similaire s'est développée sur les îles Amakusa adjacentes où la famille Konishi avait été déplacée en faveur des Terasawas.
À l'automne de 1637, la population mécontente ainsi que les samouraïs locaux et sans maître ont commencé à se rencontrer en secret pour planifier un soulèvement. Cela a éclaté à Shimabara et dans les îles Amakusa le 17 décembre, après l'assassinat du daikan local (fonctionnaire des impôts) Hayashi Hyôzaemon. Au début de la révolte, le gouverneur de la région et plus de trente nobles ont été tués. Les rangs de la rébellion se sont rapidement gonflés car tous ceux qui vivaient à Shimabara et à Amakusa ont été contraints de rejoindre les rangs de l'armée rebelle. Le charismatique Amakusa Shiro, 14/16 ans, a été sélectionné pour diriger la rébellion.
Afin d'étouffer la révolte, le gouverneur de Nagasaki, Terazawa Katataka, a envoyé une force de 3 000 samouraïs à Shimabara. Cette force a été vaincue par les rebelles le 27 décembre 1637, le gouverneur perdant presque 200 de ses hommes. Prenant l'initiative, les rebelles ont assiégé les châteaux du clan Terazawa à Tomioka et Hondo. Ceux-ci se sont révélés infructueux car ils ont été contraints d'abandonner les deux sièges face à l'avancée des armées shogunales. Traversant la mer d'Ariake à Shimabara, l'armée rebelle a assiégé le château de Shimabara mais n'a pas pu le prendre.
Se repliant sur les ruines du château de Hara, ils ont fortifié le site à l'aide de bois prélevé sur leurs navires. Fournissant à Hara de la nourriture et des munitions saisies dans les entrepôts de Matsukura à Shimabara, les 27 000 à 37 000 rebelles se sont préparés à recevoir les armées de shogunat qui arrivaient dans la région. Dirigées par Itakura Shigemasa, les forces du shogunat ont assiégé le château de Hara en janvier 1638. En examinant la situation, Itakura a demandé l'aide des Néerlandais. En réponse, Nicolas Koekebakker, le chef de la station commerciale d'Hirado, a envoyé de la poudre à canon et des canons.
Itakura a ensuite demandé à Koekebakker d'envoyer un navire pour bombarder le côté mer du château de Hara. Arrivée à de Ryp (20), Koekebakker et Itakura ont commencé un bombardement inefficace de 15 jours de la position rebelle. Après avoir été raillé par les rebelles, Itakura a envoyé de Ryp retour à Hirado. Il a ensuite été tué lors d'une attaque ratée contre le château et remplacé par Matsudaira Nobutsuna. Cherchant à reprendre l'initiative, les rebelles ont lancé un important raid nocturne le 3 février, qui a tué 2 000 soldats de Hizen. Malgré cette petite victoire, la situation des rebelles s'est aggravée à mesure que les provisions diminuaient et que des troupes shogunales arrivaient.
En avril, les 27 000 rebelles restants faisaient face à plus de 125 000 guerriers shogunats. Avec peu de choix, ils ont tenté une évasion le 4 avril, mais n'ont pas pu traverser les lignes de Matsudaira. Les prisonniers capturés pendant la bataille ont révélé que la nourriture et les munitions des rebelles étaient presque épuisées. En avançant, les troupes du shogunat ont attaqué le 12 avril et ont réussi à prendre les défenses extérieures de Hara. Poussant, ils ont finalement réussi à prendre le château et à mettre fin à la rébellion trois jours plus tard.
Après avoir pris le château, les troupes du shogunat ont exécuté tous ces rebelles qui étaient encore en vie. Ceci, couplé à ceux qui se sont suicidés avant la chute du château, a fait que toute la garnison de 27 000 hommes (hommes, femmes et enfants) est décédée des suites de la bataille. Au total, environ 37 000 rebelles et sympathisants ont été mis à mort. En tant que chef de la rébellion, Amakusa Shiro a été décapité et sa tête ramenée à Nagasaki pour être exposée.
Comme la péninsule de Shimabara et les îles Amakusa ont été essentiellement dépeuplées par la rébellion, de nouveaux immigrants ont été amenés d'autres régions du Japon et les terres divisées entre un nouvel ensemble de seigneurs. Ignorant le rôle que la surimposition a joué dans le déclenchement de la révolte, le shogunat a choisi de rejeter la faute sur les chrétiens. Interdisant officiellement la foi, les chrétiens japonais ont été contraints à la clandestinité où ils sont restés jusqu'au 19e siècle. En outre, le Japon s'est fermé au monde extérieur, ne permettant à quelques commerçants néerlandais de rester.