Les fossiles trouvés en Afrique de l'Est suggèrent que les protohumains parcouraient la région il y a plus de 20 millions d'années. Des découvertes récentes près du lac Turkana au Kenya indiquent que les hominidés vivaient dans la région il y a 2,6 millions d'années.
Des personnes parlant le couchitique d'Afrique du Nord ont emménagé dans la région qui est maintenant le Kenya à partir de 2000 av. Les commerçants arabes ont commencé à fréquenter la côte du Kenya vers le premier siècle après JC. La proximité du Kenya avec la péninsule arabique a encouragé la colonisation, et des colonies arabes et perses ont germé le long de la côte au VIIIe siècle. Au cours du premier millénaire après JC, les peuples nilotiques et bantous se sont installés dans la région, et ces derniers représentent désormais les trois quarts de la population du Kenya.
Le swahili, un mélange de bantou et d'arabe, s'est développé comme une lingua franca pour le commerce entre les différents peuples. La domination arabe sur la côte a été éclipsée par l'arrivée en 1498 des Portugais, qui ont cédé à leur tour le contrôle islamique sous l'imam d'Oman dans les années 1600. Le Royaume-Uni a établi son influence au 19e siècle.
L'histoire coloniale du Kenya remonte à la Conférence de Berlin de 1885, lorsque les puissances européennes ont d'abord divisé l'Afrique de l'Est en sphères d'influence. En 1895, le gouvernement britannique a créé le protectorat de l'Afrique de l'Est et, peu après, a ouvert les hauts plateaux fertiles aux colons blancs. Les colons ont été autorisés à s'exprimer au sein du gouvernement avant même qu'elle ne devienne officiellement une colonie britannique en 1920, mais les Africains n'ont pas été autorisés à participer directement à la vie politique jusqu'en 1944..
D'octobre 1952 à décembre 1959, le Kenya était en état d'urgence à la suite de la rébellion «Mau Mau» contre la domination coloniale britannique. Au cours de cette période, la participation africaine au processus politique a augmenté rapidement.
Les premières élections directes des Africains au Conseil législatif ont eu lieu en 1957. Le Kenya est devenu indépendant le 12 décembre 1963 et l'année suivante a rejoint le Commonwealth. Jomo Kenyatta, membre de la grande ethnie kikuyu et chef de l'Union nationale africaine du Kenya (KANU), est devenu le premier président du Kenya. Le parti minoritaire, Kenya African Democratic Union (KADU), représentant une coalition de petits groupes ethniques, s'est dissous volontairement en 1964 et a rejoint KANU.
Un petit parti d'opposition de gauche mais important, l'Union populaire du Kenya (KPU), a été formé en 1966, dirigé par Jaramogi Oginga Odinga, un ancien vice-président et Luo aîné. Le KPU a été interdit peu de temps après et son chef détenu. Aucun nouveau parti d'opposition n'a été formé après 1969 et la KANU est devenue le seul parti politique. À la mort de Kenyatta en août 1978, le vice-président Daniel Arap Moi est devenu président.
En juin 1982, l'Assemblée nationale a modifié la constitution, faisant du Kenya officiellement un État à parti unique, et des élections législatives ont eu lieu en septembre 1983. Les élections de 1988 ont renforcé le système à parti unique. Cependant, en décembre 1991, le Parlement a abrogé la partie à parti unique de la constitution. Au début de 1992, plusieurs nouveaux partis s'étaient formés et des élections multipartites avaient eu lieu en décembre 1992. Cependant, en raison de divisions dans l'opposition, Moi a été réélu pour un nouveau mandat de 5 ans et son parti KANU a conservé la majorité de la législature. . Les réformes parlementaires de novembre 1997 ont élargi les droits politiques et le nombre de partis politiques a augmenté rapidement. Toujours en raison d'une opposition divisée, Moi a été réélu président aux élections de décembre 1997. La KANU a remporté 113 des 222 sièges parlementaires, mais, en raison de défections, a dû dépendre du soutien des petits partis pour se forger une majorité de travail.
En octobre 2002, une coalition de partis d'opposition a uni ses forces à une faction qui s'est séparée de la KANU pour former la National Rainbow Coalition (NARC). En décembre 2002, le candidat de la NARC, Mwai Kibaki, a été élu troisième président du pays. Le président Kibaki a obtenu 62% des voix et la NARC a également remporté 59% des sièges parlementaires.