Justin était le neveu de l'empereur Justinien: le fils de la sœur de Justinien Vigilantia. En tant que membre de la famille impériale, il a reçu une éducation approfondie et a bénéficié d'avantages considérables qui n'étaient pas disponibles pour les petits citoyens de l'Empire romain d'Orient. Sa position puissante peut être la raison pour laquelle il possédait une confiance en soi extrême qui pouvait être, et était souvent, considérée comme de l'arrogance..
Justinien n'avait pas d'enfant à lui, et on s'attendait donc à ce que l'un des fils et petits-fils des frères et sœurs de l'empereur hérite de la couronne. Justin, comme plusieurs de ses cousins, avait une foule de partisans à l'intérieur et à l'extérieur du milieu du palais. Au moment où Justinien approchait de la fin de sa vie, un seul autre concurrent avait une chance réelle de succéder à l'empereur: le fils du cousin de Justin, Germanus, également nommé Justin. Cet autre Justin, un homme aux capacités militaires considérables, est considéré par certains historiens comme un meilleur candidat au poste de souverain. Malheureusement pour lui, le souvenir nostalgique de l'empereur de sa défunte épouse Theodora peut avoir nui à ses chances.
L'empereur est bien connu pour avoir largement compté sur les conseils de sa femme, et l'influence de Theodora peut être clairement visible dans certaines des lois adoptées par Justinien. Il est possible que son aversion personnelle pour Germanus ait empêché son mari de se lier sérieusement aux enfants de Germanus, Justin inclus. De plus, le futur empereur Justin II était marié à la nièce de Théodora Sophia. Par conséquent, il est probable que Justinien avait des sentiments plus chaleureux pour l'homme qui lui succéderait. Et, en effet, l'empereur a nommé son neveu Justin au bureau de cura palatii. Ce poste était généralement occupé par un individu ayant le rang de spectabilis, qui s'occupait des affaires générales quotidiennes du palais, mais après la nomination de Justin, le titre était généralement attribué à des membres de la famille impériale ou, à l'occasion, à des princes étrangers.
De plus, à la mort de Justinien, l'autre Justin gardait la frontière du Danube en tant que maître des soldats à Illyricum. Le futur empereur était à Constantinople, prêt à saisir toute opportunité.
Cette opportunité est venue avec la mort inattendue de Justinien.
Justinian était peut-être au courant de sa mortalité, mais il n'a pris aucune disposition pour un successeur. Il est décédé subitement dans la nuit du 14 au 15 novembre 565, n'ayant jamais officiellement nommé qui devait prendre sa couronne. Cela n'a pas empêché les partisans de Justin de le manœuvrer sur le trône. Bien que Justinien soit probablement mort dans son sommeil, le chambellan Callinicus a affirmé que l'empereur avait désigné le fils de Vigilantia comme son héritier avec son souffle mourant.
Tôt le matin du 15 novembre, le chambellan et un groupe de sénateurs qui avaient été réveillés de leur sommeil se sont précipités vers le palais de Justin, où Justin et sa mère les ont rencontrés. Callinicus a raconté le souhait mourant de l'empereur et, bien qu'il ait fait preuve de réticence, Justin a rapidement approuvé la demande des sénateurs de prendre la couronne. Escortés par les sénateurs, Justin et Sophia se dirigèrent vers le Grand Palais, où les Excubitors bloquèrent les portes et le patriarche couronna Justin. Avant que le reste de la ville ne sache que Justinien était mort, ils avaient un nouvel empereur.
Le matin, Justin est apparu dans la boîte impériale de l'hippodrome, où il s'est adressé au peuple. Le lendemain, il a couronné sa femme Augusta. Et, en quelques semaines, l'autre Justin a été assassiné. Bien que la plupart des gens de l'époque aient blâmé Sophia, il ne fait aucun doute que le nouvel empereur lui-même était à l'origine du meurtre.
Justin se mit alors à travailler pour gagner le soutien de la population.
Justinien avait quitté l'empire en difficulté financière. Justin a payé les dettes de son prédécesseur, remis les impôts en souffrance et réduit les dépenses. Il a également rétabli le consulat qui avait expiré en 541. Tout cela a aidé l'économie locale, qui a valu à Justin des notes élevées de la noblesse et de la population en général..
Mais tout n'était pas rose à Constantinople. Au cours de la deuxième année du règne de Justin, une conspiration a eu lieu, probablement motivée par le meurtre politique de l'autre Justin. Les sénateurs Aetherios et Addaios ont évidemment comploté pour empoisonner le nouvel empereur. Aetherios a avoué, nommant Addée comme son complice, et les deux ont été exécutés. Les choses se sont considérablement améliorées après cela.
Le schisme acacien qui avait divisé l'Église à la fin du Ve siècle et au début du VIe siècle n'avait pas pris fin avec l'abolition de la philosophie hérétique qui a déclenché la scission. Les églises monophysites s'étaient développées et s'étaient implantées dans l'Empire romain oriental. Theodora avait été une monophysite ferme, et à mesure que Justinien vieillissait, il était devenu de plus en plus enclin à la philosophie hérétique.
Initialement, Justin a montré une tolérance religieuse assez libérale. Il a fait libérer des membres d'église monophysites de la prison et a permis aux évêques exilés de rentrer chez eux. Justin voulait apparemment unir les factions disparates monophysites et, finalement, réunir la secte hérétique avec le point de vue orthodoxe (comme exprimé au Conseil de Chalcédoine). Malheureusement, chaque tentative qu'il a faite pour faciliter la concorde a été rejetée par des extrémistes intransigeants monophysites. Finalement, sa tolérance s'est transformée en entêtement, et il a institué une politique de persécution qui a duré aussi longtemps qu'il contrôlait l'empire..
Justinien avait poursuivi une variété de méthodes pour construire, entretenir et préserver les terres byzantines, et avait réussi à acquérir un territoire en Italie et en Europe du Sud qui faisait partie de l'ancien Empire romain. Justin était déterminé à détruire les ennemis de l'empire et ne voulait pas faire de compromis. Peu de temps après avoir accédé au trône, il reçut des émissaires des Avars et leur refusa les subventions que son oncle leur avait accordées. Il a ensuite formé une alliance avec les Turcs occidentaux d'Asie centrale, avec qui il a combattu contre les Avars et peut-être aussi contre les Perses..