Après la chute du mur de Berlin en 1989, les deux pays indépendants situés sur les côtés opposés du rideau de fer - l'Allemagne de l'Est et l'Allemagne de l'Ouest - ont travaillé à l'unification après plus de 40 ans en tant qu'entités distinctes. Avec cette unification est venue la question: "Quelle ville devrait être la capitale d'une Allemagne nouvellement unie - Berlin ou Bonn?"
Avec la levée du drapeau allemand le 3 octobre 1990, les deux anciens pays (la République démocratique allemande et la République fédérale d'Allemagne) ont fusionné pour devenir une Allemagne unifiée. Avec cette fusion, une décision a dû être prise sur ce que serait le nouveau capital. La capitale de l'Allemagne d'avant la Seconde Guerre mondiale était Berlin, et la capitale de l'Allemagne de l'Est était Berlin-Est. L'Allemagne de l'Ouest a transféré la capitale à Bonn après la scission en deux pays.
Après l'unification, le Parlement allemand, le Bundestag, a commencé à se réunir à Bonn. Cependant, dans les conditions initiales du traité d'unification entre les deux pays, la ville de Berlin a également été réunifiée et est devenue, du moins de nom, la capitale de l'Allemagne réunifiée.
Un vote restreint du Bundestag, le 20 juin 1991, de 337 voix pour Berlin et 320 voix pour Bonn, décida que le Bundestag et de nombreux bureaux gouvernementaux allaient finalement et officiellement déménager de Bonn à Berlin. Le vote a été étroitement divisé, et la plupart des députés ont voté selon des lignes géographiques.
Avant la division de l'Allemagne après la Seconde Guerre mondiale, Berlin était la capitale du pays. Avec la division en Allemagne de l'Est et en Allemagne de l'Ouest, la ville de Berlin (complètement entourée par l'Allemagne de l'Est) a été divisée en Berlin-Est et Berlin-Ouest, divisée par le mur de Berlin.
Comme Berlin-Ouest ne pouvait pas servir de capitale pratique pour l'Allemagne de l'Ouest, Bonn a été choisie comme alternative. Le processus de construction de Bonn en tant que capitale a pris environ huit ans et plus de 10 milliards de dollars.
Le déplacement de 370 miles (595 kilomètres) de Bonn à Berlin dans le nord-est a souvent été retardé par des problèmes de construction, des changements de plan et une immobilisation bureaucratique. Plus de 150 ambassades nationales ont dû être construites ou développées afin de servir de représentation étrangère dans la nouvelle capitale.
Enfin, le 19 avril 1999, le Bundestag allemand s'est réuni dans le bâtiment du Reichstag à Berlin, signalant le transfert de la capitale de l'Allemagne de Bonn à Berlin. Avant 1999, le Parlement allemand ne s'était pas réuni au Reichstag depuis l'incendie du Reichstag de 1933. Le Reichstag récemment rénové comprenait un dôme de verre, symbolisant une nouvelle Allemagne et une nouvelle capitale.
Une loi de 1994 en Allemagne a établi que Bonn conserverait le statut de deuxième capitale officielle de l'Allemagne et de deuxième domicile officiel du chancelier et du président de l'Allemagne. En outre, six ministères gouvernementaux (dont celui de la défense) devaient maintenir leur siège à Bonn.
Bonn est surnommée la "ville fédérale" pour son rôle de deuxième capitale de l'Allemagne. Selon le New York Times, en 2011, "Sur les 18 000 fonctionnaires employés dans la bureaucratie fédérale, plus de 8 000 sont toujours à Bonn".
Bonn a une population assez petite (plus de 318 000 habitants) pour son importance en tant que ville fédérale ou deuxième capitale de l'Allemagne, un pays de plus de 80 millions d'habitants (Berlin en abrite près de 3,4 millions). Bonn a été appelé en plaisantant en allemand Bundeshauptstadt ohne nennenswertes Nachtleben (capitale fédérale sans vie nocturne notable). Malgré sa petite taille, beaucoup (comme en témoigne le vote serré du Bundestag) avaient espéré que la ville universitaire pittoresque de Bonn deviendrait la maison moderne de la capitale allemande réunifiée.
Aujourd'hui, certains Allemands remettent en question l'inefficacité d'avoir plus d'une capitale. Le coût du transport permanent de personnes et de documents entre Bonn et Berlin coûte chaque année des millions d'euros.
Le gouvernement allemand pourrait devenir beaucoup plus efficace si le temps et l'argent n'étaient pas gaspillés en temps de transport, en frais de transport et en licenciements en raison du maintien de Bonn comme deuxième capitale. Au moins dans un avenir prévisible, l'Allemagne conservera Berlin comme capitale et Bonn comme mini-capitale.