Le New Hampshire était l'une des 13 colonies originales des États-Unis et a été fondée en 1623. Les terres du Nouveau Monde ont été accordées au capitaine John Mason, qui a nommé la nouvelle colonie d'après sa patrie dans le comté de Hampshire, en Angleterre. Mason a envoyé des colons sur le nouveau territoire pour créer une colonie de pêcheurs. Cependant, il est décédé avant de voir l'endroit où il avait dépensé beaucoup d'argent pour construire des villes et des défenses.
Le New Hampshire était l'une des quatre colonies de la Nouvelle-Angleterre, avec les colonies de la baie du Massachusetts, du Connecticut et de l'île du Rhône. Les colonies de la Nouvelle-Angleterre étaient l'un des trois groupes comprenant les 13 colonies originales. Les deux autres groupes étaient les colonies moyennes et les colonies du sud. Les colons des colonies de la Nouvelle-Angleterre ont connu des étés doux mais ont enduré de très longs hivers. Un avantage du froid est qu'il a contribué à limiter la propagation des maladies, un problème considérable dans les climats plus chauds des colonies du Sud.
Sous la direction du capitaine John Mason et de sa courte compagnie Laconia Company, deux groupes de colons sont arrivés à l'embouchure de la rivière Piscataqua et ont établi deux communautés de pêcheurs, une à l'embouchure de la rivière et une à huit milles en amont. David Thomson partit pour la Nouvelle-Angleterre en 1623, avec 10 autres personnes et sa femme, et débarqua et établit une plantation à l'embouchure de la Piscataqua, près de ce qui est Rye appelé Odiorne's Point; cela n'a duré que quelques années. À peu près à la même époque, les poissonniers londoniens William et Edward Hilton ont établi une colonie à Hilton's Point près de Douvres. Les Hiltons ont obtenu un soutien financier pour acheter des terres en 1631, et en 1632, un groupe de 66 hommes et 23 femmes ont été envoyés dans la colonie en herbe. Les autres établissements précoces comprennent le banc de fraises de Thomas Warnerton près de Portsmouth et Ambrose Gibbons à Newichawannock.
Le poisson, les baleines, la fourrure et le bois étaient des ressources naturelles importantes pour la colonie du New Hampshire. Une grande partie de la terre était rocheuse et non plate, donc l'agriculture était limitée. Pour leur subsistance, les colons cultivaient du blé, du maïs, du seigle, des haricots et diverses courges. Les puissants arbres anciens des forêts du New Hampshire étaient prisés par la Couronne anglaise pour leur utilisation comme mâts de navires. Beaucoup des premiers colons sont venus au New Hampshire, non pas à la recherche de la liberté religieuse, mais plutôt pour chercher fortune par le commerce avec l'Angleterre, principalement dans le poisson, la fourrure et le bois.
Les principales tribus d'Amérindiens vivant sur le territoire du New Hampshire à l'arrivée des Anglais étaient les Pennacook et les Abénaquis, tous deux algonquins. Les premières années de la colonisation anglaise ont été relativement pacifiques. Les relations entre les groupes ont commencé à se détériorer dans la seconde moitié des années 1600, en grande partie à cause des changements de leadership dans le New Hampshire et des problèmes dans le Massachusetts qui ont conduit à une migration des autochtones vers le New Hampshire.
La ville de Douvres était un point focal de lutte entre les colons et les Pennacook, où les colons ont construit de nombreuses garnisons pour la défense (donnant à Douvres le surnom de "Garrison City" qui persiste encore aujourd'hui). L'attaque de Pennacook du 7 juin 1684 est connue comme le massacre de Cochecho.
Le contrôle de la colonie du New Hampshire a changé plusieurs fois avant que la colonie ne déclare son indépendance. C'était une province royale avant 1641 lorsqu'elle a été revendiquée par la colonie de la baie du Massachusetts et a été surnommée la province supérieure du Massachusetts. En 1680, le New Hampshire a retrouvé son statut de province royale, mais cela n'a duré que jusqu'en 1688, date à laquelle il a de nouveau fait partie du Massachusetts. Le New Hampshire a retrouvé son indépendance - du Massachusetts, pas de l'Angleterre - en 1741. À cette époque, le peuple a élu Benning Wentworth comme son propre gouverneur et est resté sous sa direction jusqu'en 1766.
Le New Hampshire a envoyé deux hommes au premier congrès continental en 1774: Nathaniel Folsom et John Sullivan. Six mois avant la signature de la Déclaration d'indépendance, le New Hampshire est devenu la première colonie à déclarer son indépendance de l'Angleterre. Josiah Bartlett, William Whipple et Matthew Thornton ont signé la Déclaration pour le New Hampshire.
La colonie est devenue un état en 1788.