En août 1863, l'armée américaine a commencé la construction de la prison de Rock Island. Située sur une île entre Davenport, Iowa et Rock Island, Illinois, la prison a été conçue pour héberger les soldats de l'armée confédérée capturés. Le plan était de construire 84 casernes, chacune abritant 120 prisonniers avec leur propre cuisine. La clôture de palissade était de 12 pieds de haut. Il y avait une sentinelle placée tous les cent pieds avec seulement deux ouvertures pour entrer à l'intérieur. La prison devait être construite sur 12 acres des 946 acres qui englobaient l'île.
En décembre 1863, la prison de Rock Island, encore inachevée, reçut ses premiers prisonniers qui avaient été capturés par les troupes du général Ulysses S. Grant lors de la bataille de Lookout Mountain, à Chattanooga, Tennessee. Alors que le premier groupe était au nombre de 468, à la fin du mois, la population carcérale dépasserait les 5000 soldats confédérés capturés, certains d'entre eux ayant également été capturés lors de la bataille de Missionary Ridge, Tennessee.
Les températures étaient inférieures à zéro degré Fahrenheit en décembre 1963 lorsque ces premiers prisonniers sont arrivés. La température serait signalée aussi bas que trente-deux degrés au-dessous de zéro à certains moments pendant le reste de ce premier hiver.
Étant donné que la construction de la prison n'était pas terminée à l'arrivée du premier prisonnier confédéré, l'assainissement et la maladie, en particulier une épidémie de variole, étaient des problèmes à l'époque. En réponse, au printemps 1864, l'armée de l'Union a construit un hôpital et installé un système d'égout qui a aidé à améliorer immédiatement les conditions à l'intérieur des murs de la prison, ainsi qu'à mettre fin à l'épidémie de variole.
En juin 1864, la prison de Rock Island a considérablement modifié la quantité de rations que les prisonniers recevaient en raison de la façon dont la prison d'Andersonville traitait les soldats de l'armée de l'Union qui étaient prisonniers. Ce changement de rations a entraîné à la fois la malnutrition et le scorbut, ce qui a entraîné la mort de prisonniers confédérés au centre pénitentiaire de Rock Island.
Pendant la période de fonctionnement de Rock Island, il abritait plus de 12 000 soldats confédérés, dont près de 2000 sont morts, mais bien que beaucoup prétendent que Rock Island était comparable à la prison d'Andersonville du confédéré d'un point de vue inhumain, seuls 17% de leurs prisonniers sont morts, contre 20 - sept pour cent de la population totale d'Andersonville. De plus, Rock Island avait des casernes fermées contre les tentes artificielles ou étant totalement dans les éléments comme c'était le cas à Andersonville.
Au total, 41 prisonniers se sont évadés et n'ont pas été repris. L'une des plus grandes évasions s'est produite en juin 1864 lorsque plusieurs prisonniers ont creusé un tunnel pour sortir. Les deux derniers ont été capturés alors qu'ils sortaient du tunnel et trois autres ont été capturés alors qu'ils étaient encore sur l'île. Un évadé s'est noyé en traversant le Mississippi, mais six autres ont réussi à traverser. En quelques jours, quatre d'entre eux ont été repris par les forces de l'Union, mais deux ont pu échapper complètement à la capture.
La prison de Rock Island a fermé ses portes en juillet 1865 et la prison a été totalement détruite peu de temps après. En 1862, le Congrès des États-Unis a établi un arsenal sur Rock Island et c'est aujourd'hui le plus grand arsenal géré par le gouvernement de notre pays qui englobe presque toute l'île. Elle s'appelle maintenant l'île d'Arsenal.
La seule preuve restante qu'il y avait une prison qui détenait des soldats confédérés pendant la guerre civile est le cimetière confédéré où environ 1950 prisonniers sont enterrés. De plus, le cimetière national de Rock Island est également situé sur l'île, où les restes d'au moins 150 gardes de l'Union sont enterrés, ainsi que plus de 18 000 soldats de l'Union.