Certaines organisations peuvent avoir des liens opérationnels avec le groupe central d'Oussama ben Laden. De plus en plus, cependant, les groupes qui prêtent allégeance à Al-Qaïda n'ont aucune association formelle.
Alors que de nombreux analystes utilisent la métaphore du marketing pour décrire Al-Qaïda comme une `` marque '' et ses ramifications comme des `` franchises '', d'autres décrivent le phénomène de la décentralisation en termes de noyau de professionnels, entouré d'une nouvelle adhésion à des filiales `` de base ''.
Cette décentralisation est une conséquence de la stratégie et non du hasard, selon l'analyste Adam Elkus. En 2007, il a écrit ceci:
Al-Qaïda a évolué vers la décentralisation depuis l'invasion de l'Afghanistan, avec des cellules isolées et des groupes faiblement affiliés qui n'ont qu'un lien ténu avec la plus grande hiérarchie d'Al-Qaïda puisant dans certains de ces groupes de «coup de foudre» issus de militants préexistants les groupes se sont engagés à une certaine version de la transformation islamiste de leur société. En Algérie, par exemple, Al-Qaïda au Maghreb islamique est une nouvelle incarnation d'un autre groupe, le Groupe salafiste pour l'appel et le combat, qui s'est engagé depuis longtemps et violemment à renverser le gouvernement algérien. L'engagement soudain du groupe envers le djihad mondial «de style Al Qaeda-» doit être pris avec un grain de sel ou, à tout le moins, examiné à la lumière de son histoire locale..
Organisation centrale d'Al-Qaïda: le groupe d'origine dirigé par Oussama ben Laden et Ayman al Zawahiri
Al-Qaïda en Irak: une organisation fondée après l'invasion américaine de l'Irak, AQI s'est métamorphosée plusieurs fois depuis.
Le Jihad islamique égyptien (Tanzim Al-Jihad): le Jihad islamique égyptien a été fondé dans les années 1970, et bien connu pour son assassinat du président égyptien Sadate en 1981. C'est un bon exemple d'une organisation qui, historiquement, avait un intérêt beaucoup plus grand pour transformation violente du gouvernement égyptien que dans un «djihad mondial».
Ansar Al Islam: Cette organisation kurde irakienne a été fondée en 2001 et opère dans les régions du nord de l'Irak et de l'Iran. Ses membres comprennent un certain nombre de membres qui se sont entraînés ou ont combattu en Afghanistan, avec Ben Laden, et il est présumé avoir des liens opérationnels étroits avec Al-Qaïda dans la région..
Al Jemaah Al Islamiyya: Al Jemaah Al Islamiyyah (The Islamic Group) est un groupe d'Asie du Sud-Est voué à instaurer un régime islamiste dans la région. Les États-Unis le soupçonnent de liens avec Al-Qaïda, mais ceux-ci semblent ténus à grande échelle.
Lashkar-i-Tayyiba: Ce groupe pakistanais sunnite basé au Cachemire a historiquement dirigé ses attaques contre l'Inde. Les dirigeants et les membres ont démontré des liens avec certains membres d'Al-Qaïda.
Organisation d'Al-Qaïda au Maghreb islamique: ce groupe algérien est né d'un groupe voué au renversement du gouvernement algérien. Son changement de nom a été accompagné d'un engagement à mettre des cibles occidentales dans sa ligne de mire.
Abu Sayyaf: Ce groupe philippin a été appelé un affilié d'Al-Qaïda, mais il n'y a guère de preuves d'un lien opérationnel significatif. En effet, l'organisation ressemble plus à un réseau criminel qu'à un réseau engagé dans un but idéologique.