Le 16 septembre 1810, le père Miguel Hidalgo, curé de la ville de Dolores, a publié le fameux «Grito de la Dolores» ou «Shout of Dolores». Peu de temps après, il était à la tête d'une vaste foule de paysans indisciplinés. et les Indiens armés de machettes et de gourdins. Des années de négligence et de taxes élevées imposées par les autorités espagnoles ont préparé le peuple mexicain au sang. Avec le co-conspirateur Ignacio Allende, Hidalgo a conduit sa foule à travers les villes de San Miguel et Celaya avant de se tourner vers la plus grande ville de la région: la ville minière de Guanajuato.
Hidalgo avait autorisé ses soldats à piller les maisons des Espagnols dans la ville de San Miguel et les rangs de son armée se sont gonflés de pillards potentiels. En passant par Celaya, le régiment local, composé principalement d'officiers et de soldats créoles, changea de camp et rejoignit les rebelles. Ni Allende, qui avait une formation militaire, ni Hidalgo ne pouvaient contrôler complètement la foule en colère qui les suivait. L '«armée» rebelle qui est descendue sur Guanajuato le 28 septembre était une masse bouillonnante de colère, de vengeance et de cupidité, comptant entre 20 000 et 50 000 personnes selon des témoignages oculaires..
L'intendant de Guanajuato, Juan Antonio Riaño, était un vieil ami personnel d'Hidalgo. Hidalgo a même envoyé une lettre à son vieil ami, lui proposant de protéger sa famille. Riaño et les forces royalistes de Guanajuato ont décidé de se battre. Ils ont choisi le grand grenier public aux allures de forteresse (Alhóndiga de Granaditas) pour prendre position: tous les Espagnols ont déplacé leurs familles et leurs richesses à l'intérieur et fortifié le bâtiment du mieux qu'ils pouvaient. Riaño était confiant: il pensait que la racaille marchant sur Guanajuato serait rapidement dispersée par une résistance organisée.
La horde d'Hidalgo est arrivée le 28 septembre et a été rapidement rejointe par de nombreux mineurs et travailleurs de Guanajuato. Ils ont assiégé le grenier, où les officiers royalistes et les Espagnols se sont battus pour leur vie et celle de leurs familles. Les assaillants ont accusé en masse, prendre de lourdes pertes. Hidalgo a ordonné à certains de ses hommes de se rendre sur les toits voisins, où ils ont lancé des pierres sur les défenseurs et sur le toit du grenier, qui s'est finalement effondré sous le poids. Il n'y avait que quelque 400 défenseurs, et bien qu'ils aient été retranchés, ils ne pouvaient pas gagner contre de telles chances.
Tout en dirigeant des renforts, Riaño a été abattu et tué instantanément. Son commandant en second, l'évaluateur de la ville, a ordonné aux hommes de brandir un drapeau blanc de reddition. Alors que les assaillants se déplaçaient pour faire des prisonniers, l'officier militaire en chef de l'enceinte, le major Diego Berzábal, a annulé l'ordre de se rendre et les soldats ont ouvert le feu sur les assaillants qui avançaient. Les assaillants ont pensé que la «reddition» était une ruse et ont redoublé furieusement leurs attaques..
Selon la légende locale, la bataille a eu un héros très improbable: un mineur local surnommé "Pípila", qui est une dinde de poule. Pípila a gagné son nom à cause de sa démarche. Il est né déformé, et d'autres pensaient qu'il marchait comme une dinde. Souvent ridiculisé pour sa difformité, Pípila est devenu un héros quand il a attaché une grande pierre plate sur son dos et s'est dirigé vers la grande porte en bois du grenier avec du goudron et une torche. La pierre le protégeait alors qu'il posait le goudron sur la porte et la mettait le feu. En peu de temps, la porte a brûlé et les assaillants ont pu entrer.
Le siège et l'assaut du grenier fortifié n'ont pris à la horde d'attaque massive qu'environ cinq heures. Après l'épisode du drapeau blanc, aucun quartier n'a été offert aux défenseurs à l'intérieur, qui ont tous été massacrés. Les femmes et les enfants sont parfois épargnés, mais pas toujours. L'armée d'Hidalgo a saccagé à Guanajuato, pillant les maisons des Espagnols et des créoles. Le pillage a été horrible, car tout ce qui n'était pas cloué a été volé. Le bilan final est d'environ 3 000 insurgés et les 400 défenseurs du grenier.
Hidalgo et son armée ont passé quelques jours à Guanajuato, organisant les combattants en régiments et émettant des proclamations. Ils ont défilé le 8 octobre, en route pour Valladolid (maintenant Morelia).
Le siège de Guanajuato a marqué le début de sérieuses divergences entre les deux chefs de l'insurrection, Allende et Hidalgo. Allende était consterné par les massacres, les pillages et les pillages qu'il a vus pendant et après la bataille: il voulait éliminer la populace, former une armée cohérente des autres et mener une guerre «honorable». Hidalgo, d'autre part, a encouragé le pillage, le considérant comme un retour en arrière pour des années d'injustice aux mains des Espagnols. Hidalgo a également souligné que sans perspective de pillage, de nombreux combattants disparaîtraient.
Quant à la bataille elle-même, elle a été perdue à la minute où Riaño a enfermé les Espagnols et les créoles les plus riches dans la «sécurité» du grenier. Les citoyens normaux de Guanajuato (à juste titre) se sont sentis trahis et abandonnés et se sont rapidement rangés du côté des assaillants. De plus, la plupart des paysans attaquants n'étaient intéressés que par deux choses: tuer des Espagnols et piller. En concentrant tous les Espagnols et tout le butin dans un bâtiment, Riaño a rendu inévitable que le bâtiment soit attaqué et tous massacrés. Quant à Pípila, il a survécu à la bataille et aujourd'hui il y a une statue de lui à Guanajuato.
La rumeur des horreurs de Guanajuato s'est rapidement répandue dans tout le Mexique. Les autorités de Mexico se sont vite rendu compte qu'elles avaient un soulèvement majeur entre leurs mains et ont commencé à organiser sa défense, qui se heurterait à nouveau à Hidalgo sur le Monte de las Cruces.
Guanajuato était également significatif en ce qu'il a aliéné de nombreux créoles riches à la rébellion: ils ne le rejoindront que beaucoup plus tard. Des maisons créoles, ainsi que des maisons espagnoles, ont été détruites par le pillage gratuit, et de nombreuses familles créoles ont eu des fils ou des filles mariés à des Espagnols. Ces premières batailles de l'indépendance mexicaine étaient considérées comme une guerre de classe, pas comme une alternative créole à la gouvernance espagnole.