Lorsque le commodore Matthew Perry et les navires noirs américains se sont présentés à Edo Harbour, leur apparition et l '"ouverture" du Japon qui a suivi ont déclenché une chaîne d'événements imprévisibles à Tokugawa au Japon, le principal d'entre eux étant une guerre civile qui a éclaté quinze ans plus tard: le Boshin Guerre.
La guerre de Boshin n'a duré que deux ans, entre 1868 et 1869, et a opposé les samouraïs et les nobles japonais au régime en vigueur de Tokugawa, où les samouraïs voulaient renverser le shogun et rendre le pouvoir politique à l'empereur.
En fin de compte, le samouraï pro-empereur militant de Satsuma et Choshu a convaincu l'empereur de publier un décret dissolvant la maison de Tokugawa, un coup potentiellement fatal à la famille des anciens shoguns.
Le 27 janvier 1868, l'armée du shogunat, au nombre de plus de 15 000 et composée principalement de samouraïs traditionnels, attaqua les troupes de Satsuma et Choshu à l'entrée sud de Kyoto, la capitale impériale.
Choshu et Satsuma ne comptaient que 5 000 soldats dans le combat, mais ils avaient des armes modernes, notamment des fusils, des obusiers et même des fusils Gatling. Lorsque les troupes pro-impériales ont remporté le combat de deux jours, plusieurs daimyo importants ont changé leur allégeance du shogun à l'empereur.
Le 7 février, l'ancien shogun Tokugawa Yoshinobu a quitté Osaka et s'est retiré dans sa propre capitale, Edo (Tokyo). Découragés par sa fuite, les forces shogunales ont abandonné leur défense du château d'Osaka, tombé aux mains des forces impériales le lendemain..
Dans un autre coup porté au shogun, les ministres des Affaires étrangères des puissances occidentales ont décidé début février de reconnaître le gouvernement de l'empereur comme le gouvernement légitime du Japon. Cependant, cela n'a pas empêché les samouraïs du côté impérial d'attaquer des étrangers dans plusieurs incidents distincts, le sentiment anti-étranger étant très élevé.
Saigo Takamori, plus tard connu comme le «dernier samouraï», a conduit les troupes de l'empereur à travers le Japon pour encercler Edo en mai 1869 et la capitale du shogun s'est rendue sans condition peu de temps après.
Malgré cette défaite apparemment rapide des forces shogunales, le commandant de la marine du shogun a refusé de rendre huit de ses navires, au lieu de se diriger vers le nord, dans l'espoir d'unir ses forces aux samouraïs du clan Aizu et à d'autres guerriers du nord, qui étaient toujours fidèles aux gouvernement shogunal.
La Coalition du Nord était vaillante mais dépendait des méthodes de combat et des armes traditionnelles. Il a fallu les troupes impériales bien armées de mai à novembre 1869 pour finalement vaincre la résistance du Nord tenace, mais le 6 novembre, le dernier samouraï Aizu s'est rendu.
Deux semaines plus tôt, la période Meiji avait officiellement commencé et l'ancienne capitale shogunale d'Edo a été renommée Tokyo, ce qui signifie «capitale orientale».
Bien que la guerre de Boshin soit terminée, les retombées de cette série d'événements se sont poursuivies. Des durs à cuire de la Coalition du Nord, ainsi que quelques conseillers militaires français, ont tenté de mettre en place la République Ezo séparée sur l'île septentrionale d'Hokkaido, mais la république éphémère s'est rendue et a cessé d'exister le 27 juin 1869.
Dans une tournure intéressante, Saigo Takamori du très pro-Meiji Satsuma Domain a regretté plus tard son rôle dans la restauration de Meiji. Il a fini par être entraîné dans un rôle de leadership dans la rébellion de Satsuma condamnée, qui a pris fin en 1877 avec sa mort.