La guerre des mille jours était une guerre civile qui a eu lieu en Colombie entre 1899 et 1902. Le conflit de base derrière la guerre était le conflit entre libéraux et conservateurs, donc c'était une guerre idéologique par opposition à une guerre régionale, et elle a divisé familles et a été combattu dans tout le pays. Après la mort d'environ 100 000 Colombiens, les deux parties ont mis fin aux combats.
En 1899, la Colombie avait une longue tradition de conflits entre libéraux et conservateurs. Les questions fondamentales étaient les suivantes: les conservateurs étaient favorables à un gouvernement central fort, des droits de vote limités et des liens étroits entre l'église et l'État. Les libéraux, en revanche, étaient favorables à des gouvernements régionaux plus forts, à un droit de vote universel et à une division entre l'Église et l'État. Les deux factions étaient en désaccord depuis la dissolution de Gran Colombia en 1831.
En 1898, le conservateur Manuel Antonio Sanclemente est élu président de la Colombie. Les libéraux ont été scandalisés parce qu'ils pensaient qu'une fraude électorale importante avait eu lieu. Sanclemente, qui était dans la quarantaine, avait participé à un renversement conservateur du gouvernement en 1861 et était extrêmement impopulaire parmi les libéraux. En raison de problèmes de santé, l'emprise de Sanclemente sur le pouvoir n'était pas très ferme, et les généraux libéraux préparèrent une rébellion pour octobre 1899.
La révolte libérale a commencé dans la province de Santander. Le premier affrontement a eu lieu lorsque les forces libérales ont tenté de prendre Bucaramanga en novembre 1899 mais ont été repoussées. Un mois plus tard, les libéraux ont remporté leur plus grande victoire de la guerre lorsque le général Rafael Uribe Uribe a mis en déroute une force conservatrice plus importante lors de la bataille de Peralonso. La victoire de Peralonso a donné aux libéraux l'espoir et la force de prolonger le conflit pendant deux ans de plus contre des chiffres supérieurs.
Refusant bêtement de faire valoir son avantage, le général libéral Vargas Santos a calé assez longtemps pour que les conservateurs se rétablissent et envoient une armée après lui. Ils se sont affrontés en mai 1900 à Palonegro, dans le département de Santander. La bataille a été brutale. Cela a duré environ deux semaines, ce qui signifie qu'à la fin, les corps en décomposition sont devenus un facteur des deux côtés. La chaleur oppressive et le manque de soins médicaux ont fait du champ de bataille un enfer vivant alors que les deux armées se battaient maintes et maintes fois sur le même tronçon de tranchées. Lorsque la fumée s'est dissipée, il y a eu près de 4 000 morts et l'armée libérale s'est brisée.
Jusque-là, les libéraux recevaient de l'aide du Venezuela voisin. Le gouvernement du président vénézuélien Cipriano Castro avait envoyé des hommes et des armes pour combattre du côté libéral. La perte dévastatrice de Palonegro l'a obligé à suspendre tout soutien pendant un certain temps, bien qu'une visite du général libéral Rafael Uribe Uribe l'ait convaincu de reprendre l'envoi de l'aide..
Après la déroute de Palonegro, la défaite des libéraux n'était qu'une question de temps. Leurs armées en lambeaux, ils s'appuieraient sur le reste de la guerre sur des tactiques de guérilla. Ils ont réussi à remporter certaines victoires dans l'actuel Panama, notamment une bataille navale à petite échelle qui a vu la canonnière Padilla couler le navire chilien («emprunté» par les conservateurs) Lautaro dans le port de Panama. Malgré ces petites victoires, même les renforts vénézuéliens n'ont pas pu sauver la cause libérale. Après la boucherie de Peralonso et Palonegro, le peuple colombien avait perdu tout désir de continuer les combats.
Les libéraux modérés tentent depuis un certain temps de mettre un terme pacifique à la guerre. Bien que leur cause ait été perdue, ils ont refusé d'envisager une reddition inconditionnelle: ils voulaient une représentation libérale au gouvernement comme prix minimum pour mettre fin aux hostilités. Les conservateurs savaient à quel point la position libérale était faible et restaient fermes dans leurs revendications. Le traité de Neerlandia, signé le 24 octobre 1902, était essentiellement un accord de cessez-le-feu qui prévoyait le désarmement de toutes les forces libérales. La guerre a officiellement pris fin le 21 novembre 1902, lorsqu'un deuxième traité a été signé sur le pont du navire de guerre américain Wisconsin.
La guerre de mille jours n'a rien fait pour atténuer les différences de longue date entre les libéraux et les conservateurs, qui allaient à nouveau faire la guerre dans les années 40 dans le conflit connu sous le nom de La Violencia. Bien que nominalement une victoire conservatrice, il n'y avait pas de vrais gagnants, seulement des perdants. Les perdants étaient le peuple colombien, des milliers de vies ayant été perdues et le pays ravagé. Comme insulte supplémentaire, le chaos provoqué par la guerre a permis aux États-Unis de réaliser l'indépendance du Panama, et la Colombie a perdu à jamais ce précieux territoire.
La guerre des mille jours est bien connue en Colombie comme un événement historique important, mais elle a été portée à l'attention internationale en raison d'un roman extraordinaire. Lauréat du prix Nobel Gabriel García Márquez en 1967 Cent ans de solitude couvre un siècle dans la vie d'une famille colombienne fictive. L'un des personnages les plus célèbres de ce roman est le colonel Aureliano Buendía, qui quitte la petite ville de Macondo pour combattre pendant des années dans la guerre des mille jours (pour mémoire, il a combattu pour les libéraux et aurait été vaguement basé sur Rafael Uribe Uribe).