L'évolution met beaucoup de temps à devenir visible. Génération après génération peut aller et venir avant que tout changement d'une espèce ne soit observé. Il y a un débat dans la communauté scientifique sur la rapidité avec laquelle l'évolution se produit. Les deux idées généralement acceptées pour les taux d'évolution sont appelées gradualisme et équilibre ponctué.
Basé sur la géologie et les découvertes de James Hutton et Charles Lyell, le gradualisme déclare que les grands changements sont en fait l'aboutissement de très petits changements qui s'accumulent avec le temps. Les scientifiques ont trouvé des preuves de gradualisme dans les processus géologiques, que le ministère de l'Éducation de l'Île-du-Prince-Édouard décrit comme le
"… Des processus à l'œuvre dans les reliefs et les surfaces de la Terre. Les mécanismes impliqués, les intempéries, l'érosion et la tectonique des plaques, combinent des processus qui sont à certains égards destructeurs et à d'autres constructifs."
Les processus géologiques sont des changements longs et lents qui se produisent sur des milliers, voire des millions d'années. Lorsque Charles Darwin a commencé à formuler sa théorie de l'évolution, il a adopté cette idée. Les archives fossiles sont des preuves qui soutiennent ce point de vue. Il existe de nombreux fossiles de transition qui montrent des adaptations structurelles des espèces lorsqu'elles se transforment en nouvelles espèces. Les partisans du gradualisme disent que l'échelle de temps géologique permet de montrer comment les espèces ont changé au cours des différentes époques depuis le début de la vie sur Terre.
L'équilibre ponctué, en revanche, est basé sur l'idée que puisque vous ne pouvez pas voir les changements dans une espèce, il doit y avoir de très longues périodes où aucun changement ne se produit. L'équilibre ponctué affirme que l'évolution se produit en courtes rafales suivies de longues périodes d'équilibre. Autrement dit, les longues périodes d'équilibre (pas de changement) sont «ponctuées» par de courtes périodes de changement rapide.
Les partisans de l'équilibre ponctué comprenaient des scientifiques tels que William Bateson, un adversaire puissant des vues de Darwin, qui a fait valoir que les espèces n'évoluent pas progressivement. Ce camp de scientifiques estime que le changement se produit très rapidement avec de longues périodes de stabilité et aucun changement entre les deux. Ils soutiennent généralement que la force motrice de l'évolution est une sorte de changement dans l'environnement qui nécessite un changement rapide..
Curieusement, les scientifiques des deux camps citent les archives fossiles comme preuves pour étayer leurs opinions. Les partisans de l'équilibre ponctué soulignent qu'il existe de nombreux chaînons manquants dans les archives fossiles. Si le gradualisme est le bon modèle pour le taux d'évolution, soutiennent-ils, il devrait y avoir des archives fossiles qui montrent des preuves d'un changement lent et progressif. Ces liens n'ont jamais vraiment existé, pour commencer, disent les partisans de l'équilibre ponctué, ce qui élimine le problème des liens manquants dans l'évolution.
Darwin a également souligné des preuves fossiles montrant de légers changements dans la structure corporelle de l'espèce au fil du temps, conduisant souvent à des structures vestigiales. Bien sûr, le registre fossile est incomplet, ce qui entraîne le problème des liens manquants.
Actuellement, aucune des hypothèses n'est considérée comme plus exacte. Plus de preuves seront nécessaires avant que le gradualisme ou l'équilibre ponctué ne soit déclaré le mécanisme réel du taux d'évolution.