Une structure squelettique est une représentation graphique de l'arrangement des atomes et des liaisons dans une molécule.
Les structures squelettiques sont représentées en deux dimensions où les symboles des éléments sont utilisés pour les atomes et les lignes pleines pour représenter les liaisons entre eux. Les liaisons multiples sont représentées par plusieurs lignes pleines. Les liaisons doubles sont représentées avec deux lignes et les liaisons triples sont représentées avec trois lignes.
Les atomes de carbone sont impliqués lorsque deux liaisons se rencontrent et qu'aucun atome n'est répertorié. Les atomes d'hydrogène sont impliqués lorsque le nombre de liaisons est inférieur à quatre sur un atome de carbone. Les atomes d'hydrogène sont affichés s'ils ne sont pas liés à un atome de carbone.
Les arrangements 3-D sont représentés par des coins pleins et hachés. Les coins solides impliquent des liens venant vers le spectateur et les coins hachés sont des liens pointant loin du spectateur.