L'un des défis les plus urgents auxquels les États africains ont été confrontés à l'indépendance était leur manque d'infrastructures. Les impérialistes européens étaient fiers d'apporter la civilisation et de développer l'Afrique, mais ils ont laissé leurs anciennes colonies avec peu d'infrastructures. Les empires avaient construit des routes et des voies ferrées - ou plutôt, ils avaient forcé leurs sujets coloniaux à les construire - mais ceux-ci n'étaient pas destinés à construire des infrastructures nationales. Les routes et chemins de fer impériaux étaient presque toujours destinés à faciliter l'exportation des matières premières. Beaucoup, comme le chemin de fer ougandais, ont couru directement vers le littoral.
Ces nouveaux pays manquaient également d'infrastructures de fabrication pour ajouter de la valeur à leurs matières premières. Les pays africains étant riches en cultures commerciales et en minéraux, ils ne pouvaient pas transformer eux-mêmes ces marchandises. Leurs économies étaient tributaires du commerce, ce qui les rendait vulnérables. Ils étaient également enfermés dans des cycles de dépendances vis-à-vis de leurs anciens maîtres européens. Ils avaient acquis des dépendances politiques et non économiques, et comme Kwame Nkrumah - le premier Premier ministre et président du Ghana - le savait, l'indépendance politique sans indépendance économique n'avait aucun sens..
Le manque d'infrastructures signifiait également que les pays africains dépendaient des économies occidentales pour une grande partie de leur énergie. Même les pays riches en pétrole ne disposaient pas des raffineries nécessaires pour transformer leur pétrole brut en essence ou en mazout. Certains dirigeants, comme Kwame Nkrumah, ont tenté de rectifier cela en entreprenant des projets de construction massifs, comme le projet de barrage hydroélectrique sur la Volta. Le barrage a fourni l'électricité dont il avait grand besoin, mais sa construction a lourdement endetté le Ghana. La construction a également nécessité la relocalisation de dizaines de milliers de Ghanéens et a contribué à l'effondrement du soutien de Nkrumah au Ghana. En 1966, Nkrumah a été renversé.
À l'indépendance, plusieurs présidents, comme Jomo Kenyatta, avaient plusieurs décennies d'expérience politique, mais d'autres, comme le tanzanien Julius Nyerere, étaient entrés dans la mêlée politique quelques années avant l'indépendance. Il y avait également un manque évident de leadership civil formé et expérimenté. Les échelons inférieurs du gouvernement colonial étaient depuis longtemps occupés par des sujets africains, mais les rangs supérieurs étaient réservés aux fonctionnaires blancs. La transition vers des officiers nationaux à l'indépendance signifiait qu'il y avait des individus à tous les niveaux de la bureaucratie avec peu de formation préalable. Dans certains cas, cela a conduit à l'innovation, mais les nombreux défis auxquels les États africains ont été confrontés à l'indépendance ont souvent été aggravés par le manque de leadership expérimenté.
Les frontières des nouveaux pays africains sont restées celles qui ont été tracées en Europe pendant la course à l'Afrique sans égard au paysage ethnique ou social sur le terrain. Les sujets de ces colonies avaient souvent de nombreuses identités qui l'emportaient sur leur sentiment d'être, par exemple, ghanéen ou congolais. Les politiques coloniales qui privilégiaient un groupe sur un autre ou allouaient des terres et des droits politiques par «tribu» exacerbaient ces divisions. Le cas le plus célèbre en est la politique belge qui a cristallisé les divisions entre Hutus et Tutsis au Rwanda qui ont conduit au tragique génocide de 1994.
Immédiatement après la décolonisation, les nouveaux États africains ont convenu d'une politique de frontières inviolables, ce qui signifie qu'ils n'essaieraient pas de redessiner la carte politique de l'Afrique car cela conduirait au chaos. Les dirigeants de ces pays se sont donc retrouvés avec le défi d'essayer de forger un sentiment d'identité nationale à une époque où ceux qui recherchaient une participation dans le nouveau pays jouaient souvent avec la loyauté régionale ou ethnique des individus..
Enfin, la décolonisation a coïncidé avec la guerre froide, qui a présenté un autre défi pour les États africains. La poussée et la traction entre les États-Unis et l'Union des Républiques socialistes soviétiques (URSS) ont fait du non-alignement une option difficile, voire impossible, et les dirigeants qui ont tenté de se frayer un chemin en troisième position ont généralement constaté qu'ils devaient prendre parti.
La politique de la guerre froide a également offert une opportunité aux factions qui cherchaient à défier les nouveaux gouvernements. En Angola, le soutien international que le gouvernement et les factions rebelles ont reçu pendant la guerre froide a conduit à une guerre civile qui a duré près de trente ans.
Ces défis combinés ont rendu difficile l'établissement d'économies solides ou la stabilité politique en Afrique et ont contribué au bouleversement auquel de nombreux États (mais pas tous!) Ont dû faire face entre la fin des années 60 et la fin des années 90..