La colonie de la baie du Massachusetts a été colonisée en 1630 par un groupe de puritains d'Angleterre sous la direction du gouverneur John Winthrop. La subvention autorisant le groupe à créer une colonie dans le Massachusetts a été accordée par le roi Charles I à la Massachusetts Bay Company. Alors que l'entreprise devait transférer la richesse du Nouveau Monde aux actionnaires en Angleterre, les colons eux-mêmes ont transféré la charte au Massachusetts. Ce faisant, ils ont transformé une entreprise commerciale en une entreprise politique.
le Fleur de mai transporté un mélange de séparatistes anglais et néerlandais, les pèlerins, en Amérique en 1620. Quarante et un colons à bord du navire ont signé le Mayflower Compact, le 11 novembre 1620. Ce fut le premier cadre gouvernemental écrit dans le Nouveau Monde.
En 1629, une flotte de 12 navires connue sous le nom de Winthrop Fleet quitte l'Angleterre et se dirige vers le Massachusetts. Il a atteint Salem, Massachusetts le 12 juin. Winthrop lui-même a navigué à bord du Arbella. C'est alors qu'il était encore à bord du Arbella que Winthrop a prononcé un discours célèbre dans lequel il a déclaré:
"[F] or wee must Consider that wee will be as a Citty on a Hill, the eies of all people are uppon us; soe that if wee will falely fausses with our god in this worke wee have entrepris and soe cause it to retrait son aide actuelle de notre part, nous ferons une histoire et un mot à travers le monde, nous ouvrirons la bouche des ennemis pour parler des voies de Dieu et de tous les professeurs pour l'amour de Dieu… "
Ces mots incarnent l'esprit des Puritains qui ont fondé la Massachusetts Bay Colony. Alors qu'ils ont émigré dans le Nouveau Monde pour pouvoir pratiquer librement leur religion, ils n'ont pas épousé la liberté de religion pour les autres colons.
Bien que la flotte de Winthrop ait atterri à Salem, ils ne sont pas restés: la petite colonie ne pouvait tout simplement pas soutenir des centaines de colons supplémentaires. En peu de temps, Winthrop et son groupe avaient déménagé, à l'invitation de William Blackstone, un ami de Winthrop, dans un nouvel endroit sur une péninsule voisine. En 1630, ils rebaptisent leur colonie Boston après la ville qu'ils avaient quittée en Angleterre.
En 1632, Boston est devenue la capitale de la Massachusetts Bay Colony. En 1640, des centaines d'autres Puritains anglais avaient rejoint Winthrop et Blackstone dans leur nouvelle colonie. En 1750, plus de 15 000 colons vivaient dans le Massachusetts.
Au cours de la première décennie de la colonie de la baie du Massachusetts, plusieurs crises politiques se sont produites, se déroulant simultanément, concernant la façon dont la religion était pratiquée dans la colonie. L'une d'elles est connue sous le nom de «crise antinomienne» qui a entraîné le départ d'Anne Hutchinson (1591-1643) de la baie du Massachusetts. Elle prêchait d'une manière inconvenante pour les dirigeants de la colonie et fut jugée par des tribunaux civils et ecclésiastiques, qui aboutirent à son excommunication le 22 mars 1638. Elle s'installa à Rhode Island et mourut quelques années plus tard près de Westchester, New York.
L'historien Jonathan Beecher Field a souligné que ce qui est arrivé à Hutchinson est similaire à d'autres exilés et départs au début de la colonie. Par exemple, en 1636, en raison de différences religieuses, le colon puritain Thomas Hooker (1586-1647) emmena sa congrégation pour fonder la colonie du Connecticut. La même année, Roger Williams (1603-1683) est exilé et finit par fonder la colonie du Rhode Island.
Dans les premiers jours de la colonie de la baie du Massachusetts, les Puritains ont mené une guerre d'extermination contre les Pequots en 1637 et une guerre d'usure contre les Narragansetts. En 1643, les Anglais remirent le sachem Narragansett (chef) Miantonomo (1565-1643) à ses ennemis le Mohegan, où il fut sommairement tué. Mais à partir des efforts de John Eliot (1604-1690), les missionnaires de la colonie ont travaillé pour convertir les Amérindiens locaux en chrétiens puritains. En mars 1644, la tribu Massachuset se soumet à la colonie et accepte de suivre une instruction religieuse.
Eliot a établi des «villes de prière» dans la colonie, des colonies isolées telles que Natick (fondée en 1651), où les personnes nouvellement converties pouvaient vivre séparées des colons anglais et des Indiens indépendants. Les colonies étaient organisées et aménagées comme un village anglais, et les résidents étaient soumis à un code juridique qui exigeait que les pratiques traditionnelles soient remplacées par celles proscrites dans la Bible.
Les villes en prière suscitèrent la dissidence dans les colonies européennes et, en 1675, les colons accusèrent les missionnaires et leurs convertis de trahison. Tous les Amérindiens professant leur loyauté envers les Anglais ont été rassemblés et placés sur l'île Deer sans nourriture ni abri adéquats. La guerre du roi Philippe a éclaté en 1675, un conflit armé entre les colons anglais et les Amérindiens dirigé par Metacomet (1638-1676), le chef Wampanoag qui avait adopté le nom de "Philip". Certains des convertis indiens de la baie du Massachusetts ont soutenu la milice coloniale en tant qu'éclaireurs et ont joué un rôle crucial dans la victoire coloniale éventuelle en 1678. Cependant, en 1677, les convertis qui n'avaient pas été tués, vendus en esclavage ou conduits vers le nord se sont retrouvés limités aux villes de prière qui étaient essentiellement des réserves pour des personnes réduites à vivre comme domestiques et fermiers.
Le Massachusetts a joué un rôle clé dans la révolution américaine. En décembre 1773, Boston était le site du célèbre Boston Tea Party en réaction au Tea Act qui avait été adopté par les Britanniques. Le Parlement a réagi en adoptant des lois pour contrôler la colonie, notamment un blocus naval du port. Le premier Congrès continental a eu lieu à Philadelphie le 5 septembre 1774 et cinq hommes du Massachusetts y ont assisté: John Adams, Samuel Adams, Thomas Cushing et Robert Treat Paine.
Le 19 avril 1775, Lexington et Concord, Massachusetts ont été les sites des premiers coups de feu tirés pendant la guerre d'indépendance. Après cela, les colons ont assiégé Boston que les troupes britanniques ont tenu. Le siège a finalement pris fin lorsque les Britanniques ont évacué en mars 1776. Les signataires de la Déclaration d'indépendance du Massachusetts le 4 juillet 1776 étaient John Hancock, Samuel Adams, John Adams, Robert Treat Paine et Elbridge Gerry. La guerre a continué pendant sept ans de plus avec de nombreux volontaires du Massachusetts se battant pour l'armée continentale.