Les premiers ancêtres humains proviendraient du continent africain. Alors que les primates s'adaptaient puis se ramifiaient en de nombreuses espèces différentes sur l'arbre de vie, la lignée qui devint finalement nos êtres humains modernes est apparue. Étant donné que l'équateur traverse directement le continent africain, les pays y reçoivent une lumière solaire presque directe toute l'année. Cette lumière directe du soleil, avec les rayons ultraviolets, et les températures chaudes qu'elle exerce une pression pour la sélection naturelle de la couleur de peau foncée. Les pigments, comme la mélanine dans la peau, protègent contre ces rayons nocifs du soleil. Cela a permis aux individus à la peau foncée de rester en vie plus longtemps et de se reproduire et de transmettre les gènes à la peau foncée à leur progéniture..
Le principal gène qui contrôle la couleur des yeux est relativement étroitement lié aux gènes qui causent la couleur de la peau. On pense que les anciens ancêtres humains avaient tous des yeux de couleur brun foncé ou presque noir et des cheveux très foncés (qui sont également contrôlés par des gènes liés à la couleur des yeux et à la couleur de la peau). Même si les yeux bruns sont toujours considérés comme des couleurs globales des yeux dominantes, il existe plusieurs couleurs oculaires différentes facilement visibles dans la population mondiale d'êtres humains. Alors d'où viennent toutes ces couleurs d'oeil?
Bien que des preuves soient toujours collectées, la plupart des scientifiques conviennent que la sélection naturelle pour les couleurs des yeux plus claires est liée à la relaxation de la sélection pour les tons de peau plus foncés. Alors que les ancêtres humains ont commencé à migrer vers divers endroits du monde, la pression pour la sélection de la couleur de peau sombre n'était pas aussi intense. Particulièrement inutile pour les ancêtres humains qui se sont installés dans ce qui est maintenant les nations d'Europe occidentale, la sélection de la peau foncée et des yeux foncés n'était plus nécessaire à la survie. Ces latitudes beaucoup plus élevées offraient des saisons différentes et pas de lumière solaire directe comme près de l'équateur sur le continent africain. Comme la pression de sélection n'était plus aussi intense, les gènes étaient plus susceptibles de muter.
La couleur des yeux est un peu complexe lorsqu'on parle de génétique. La couleur des yeux humains n'est pas dictée par un seul gène comme la plupart des autres traits. Il est plutôt considéré comme un trait polygénique, ce qui signifie qu'il existe plusieurs gènes différents sur divers chromosomes qui portent des informations sur la couleur des yeux qu'un individu doit posséder. Ces gènes, lorsqu'ils sont exprimés, se mélangent ensuite pour créer diverses nuances de couleurs différentes. La sélection détendue de la couleur des yeux sombres a également permis à davantage de mutations de s'implanter. Cela a créé encore plus d'allèles disponibles pour se combiner ensemble dans le pool génétique pour créer différentes couleurs d'oeil.
Les individus qui peuvent retracer leurs ancêtres dans les pays d'Europe occidentale ont généralement une couleur de peau et des yeux plus clairs que ceux des autres parties du monde. Certains de ces individus ont également montré des parties de leur ADN qui étaient très similaires à celles de la lignée néandertalienne disparue depuis longtemps. Les Néandertaliens auraient des cheveux et des yeux plus clairs que leurs Homo sapien les cousins.
De nouvelles couleurs pour les yeux pourraient continuer d'évoluer à mesure que les mutations s'accumulent avec le temps. De plus, comme des individus de différentes nuances de couleurs des yeux se reproduisent, le mélange de ces traits polygéniques peut également entraîner l'émergence de nouvelles nuances de couleur des yeux. La sélection sexuelle peut également expliquer certaines des différentes couleurs des yeux qui sont apparues au fil du temps. L'accouplement, chez l'homme, a tendance à être non aléatoire et en tant qu'espèce, nous sommes en mesure de choisir nos partenaires en fonction des caractéristiques souhaitables. Certaines personnes peuvent trouver une couleur des yeux beaucoup plus attrayante qu'une autre et choisir un compagnon avec cette couleur des yeux. Ensuite, ces gènes sont transmis à leur progéniture et continuent d'être disponibles dans le pool génétique.